Dato che la parte più preziosa del convento è la sua biblioteca, accessibile solo su permesso speciale, il suo contenuto è presentato nel museo in modo moderno, affinché i visitatori possano comunque ammirare i tesori che custodisce. La biblioteca del convento di San Francesco è una delle cinque biblioteche storiche più preziose della Croazia, grazie ai francescani che per secoli hanno preservato con cura libri rari e di valore, essendo presenti a Sebenico fin dal XIII secolo. Custodisce un gran numero di incunaboli, codici, pergamene e altri libri rari e preziosi, tra i quali spicca La Preghiera di Sebenico del XIV secolo, uno dei più antichi monumenti linguistici e letterari croati in alfabeto latino. Il museo espone anche una ricca collezione di reliquiari gotici e barocchi, oltre a dipinti d'altare e altri oggetti. La tradizione musicale del convento è presentata in quattro categorie: l'organo, la Preghiera di Sebenico, i canti corali e i mottetti di Ivan Lukačić. È possibile esplorare e ascoltare ciascuna di queste categorie all'interno dell'allestimento interattivo del museo.

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Poiché la chiesa di San Francesco è anche Santuario nazionale croato di San Nicola Tavelić, originario di Sebenico e primo santo croato, un reperto nel museo occupa un posto speciale. Si tratta dei sandali in cuoio di San Nicola Tavelić che, dopo il suo martirio in Terra Santa, furono inviati al convento di San Francesco dal guardiano del convento francescano di Gerusalemme. Nel museo è possibile acquistare i sandali di Nicola come souvenir, sotto forma di magnete o portachiavi, per portare con sé da Sebenico un ricordo del primo santo croato.

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Il museo non ha orari di apertura fissi, pertanto è necessario concordare la visita in anticipo telefonicamente o via e-mail; si consiglia di verificare tutte le informazioni sul sito ufficiale del convento.