Sebenico viene menzionata per la prima volta il giorno di Natale del 1066 in una donazione del re Pietro Krešimir IV, motivo per cui è nota anche come la città di Krešimir. Fondata dai croati oltre mille anni fa, è la più antica città croata sull'Adriatico.

Iniziò a svilupparsi come insediamento ai piedi della fortezza di San Michele, che sorge su una ripida scogliera sopra la città. Ottenne lo status di città nel 1169.

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Dopo la vendita della Dalmazia alla Repubblica di Venezia, Sebenico passò sotto il dominio veneziano nel 1412. A causa delle dure guerre contro i turchi, furono costruiti sistemi di fortificazione per difendersi dagli ottomani. La battaglia di Sebenico del 1647 fu il più grande attacco ottomano alla città.

A metà del XVI secolo, la peste decimò la città, causandone un lungo declino e una lenta ripresa. Dopo la caduta di Venezia, nel 1797 Sebenico entrò a far parte della Monarchia asburgica, rimanendovi fino alla fine della Prima guerra mondiale. Seguì l'occupazione italiana, durata fino al 1921, quando la città fu annessa al Regno dei Serbi, Croati e Sloveni. Tuttavia, nel 1941 Sebenico fu nuovamente occupata dagli italiani e, dopo la capitolazione dell'Italia nella Seconda guerra mondiale, il potere formale passò allo Stato Indipendente di Croazia (NDH). Durante il conflitto, la città fu bombardata dagli Alleati, evento che portò alla distruzione totale del Palazzo Municipale.

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Durante il periodo della Jugoslavia socialista, l'apertura di nuove fabbriche e impianti portò a una fioritura economica, ma tutto cambiò con la Guerra d'indipendenza croata negli anni '90. Dopo il conflitto, durante il quale la nostra regione ha dato un contributo significativo, la città si è gradualmente orientata verso il turismo, diventando oggi una delle destinazioni turistiche più attraenti della Croazia.