Šibenik wurde erstmals an Weihnachten 1066 in einer Schenkungsurkunde von König Petar Krešimir IV. erwähnt, weshalb die Stadt auch als „Krešimir-Stadt“ bekannt ist. Sie wurde vor über tausend Jahren von Kroaten gegründet und ist damit die älteste kroatische Stadt an der Adria.

Die Stadt entwickelte sich aus einer Siedlung unterhalb der Festung des heiligen Michael, die auf einem steilen Felsen über der Stadt thront. Im Jahr 1169 erhielt sie den Status einer Stadt.

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Nachdem Dalmatien an Venedig verkauft worden war, kam Šibenik 1412 unter venezianische Herrschaft. Aufgrund der schweren Kriege gegen die Osmanen wurden zur Verteidigung umfangreiche Befestigungsanlagen errichtet. Die Schlacht um Šibenik im Jahr 1647 war der größte osmanische Angriff auf die Stadt.

Mitte des 16. Jahrhunderts dezimierte die Pest die Bevölkerung, was zu einem lang anhaltenden Niedergang und einer langsamen Erholung führte. Nach dem Untergang Venedigs im Jahr 1797 wurde Šibenik Teil der Habsburgermonarchie, zu der es bis zum Ende des Ersten Weltkriegs gehörte. Danach folgte eine italienische Besatzung, die bis 1921 andauerte, als die Stadt dem Königreich der Serben, Kroaten und Slowenen angeschlossen wurde. 1941 wurde Šibenik jedoch erneut von italienischen Truppen besetzt, und nach der Kapitulation Italiens im Zweiten Weltkrieg übernahm der Unabhängige Staat Kroatien (NDH) die formelle Verwaltung. Während des Zweiten Weltkriegs wurde die Stadt von den Alliierten bombardiert, wobei das Rathaus bis auf die Grundmauern zerstört wurde.

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Während der Zeit des sozialistischen Jugoslawiens entstanden im Zuge der wirtschaftlichen Blüte neue Fabriken und Betriebe, doch dies änderte sich mit dem Kroatischen Unabhängigkeitskrieg in den 90er Jahren. Nach dem Krieg, zu dem unsere Gespanschaft einen großen Beitrag leistete, orientierte sich die Stadt allmählich in Richtung Tourismus und ist heute eines der attraktivsten Reiseziele in Kroatien.